Ligand-binding Site Characterization Through
Přehled
Ligand binding is one of the most common and most important functions proteins have evolved to accomplish. Understanding how proteins bind small ligands is useful in designing better enzymes or developing new drugs. Recent advances in biological data acquisition (sequencing, structure determination methods etc.) have brought millions of sequences that need to be annotated and an identification of potential ligand-binding sites and their descriptions are among the annotations that are often attempted.
**Five relevant publications of the research group**:
Jakubec D, Skoda P, Krivak R, **Novotny M**, Hoksza D. (2022). PrankWeb 3: accelerated ligand-binding site predictions for experimental and modelled protein structures. _Nucleic Acids Research_, **50 W1** W593-W597.
Jendele, L., Krivak, R., Skoda, P., **Novotny, M**. & Hoksza, D. (2019). PrankWeb: a web server for ligand binding site prediction and visualization. _Nucleic Acids Research_ **47(W1)**, W345-W349.
Feidakis CP, Krivak R, Hoksza D, **Novotny M. (2022). **AHoJ: rapid, tailored search and retrieval of apo and holo protein structures for user-defined ligands. Bioinformatics 38(24):5452-5453. doi: 10.1093/bioinformatics/btac701.
Quaglia F, Mészáros B, Salladini E, Hatos A, Pancsa R, Chemes LB, Pajkos M, Lazar T, Peña-Díaz S, Santos J, Ács V, Farahi N, Fichó E, Aspromonte MC, Bassot C, Chasapi A, Davey NE, Davidović R, Dobson L, Elofsson A, Erdős G, Gaudet P, Giglio M, Glavina J, Iserte J, Iglesias V, Kálmán Z, Lambrughi M, Leonardi E, Longhi S, Macedo-Ribeiro S, Maiani E, Marchetti J, Marino-Buslje C, Mészáros A, Monzon AM, Minervini G, Nadendla S, Nilsson JF, **Novotný M**, Ouzounis CA, Palopoli N, Papaleo E, Pereira PJB, Pozzati G, Promponas VJ, Pujols J, Rocha ACS, Salas M, Sawicki LR, Schad E, Shenoy A, Szaniszló T, Tsirigos KD, Veljkovic N, Parisi G, Ventura S, Dosztányi Z, Tompa P, Tosatto SCE, Piovesan D. (2022) DisProt in 2022: improved quality and accessibility of protein intrinsic disorder annotation. Nucleic Acids Research 7;50(D1):D480-D487.
Makki, A., Rada, P., Žárský, V., Kereïche, S., Kováčik, L., **Novotný, M**., Jores, T., Rapaport, D. & Tachezy, J. (2019) Triplet-pore structure of a highly divergent TOM complex of hydrogenosomes in _Trichomonas vaginalis_. _PLoS Biology_ **17(1)**: e3000098.
💡 Doporučuji: Vytvořte si svůj profesionální životopis (zdarma a snadno), se kterým zvýšíte šanci na získání lepší práce.
💡 Podívejte se na video 6 tipů pro životopis, díky kterým získáte pozvánku na pohovor, které Vám pomůže s přípravou životopisu a motivačního dopisu pro zvýšení šancí na pozvání na pohovor.
Zajímavé nabídky práce v okolí:
Práce Ligand-binding Site Characterization Through: Často kladené otázky
👉 V jakém městě se nabízí nabídka práce Ligand-binding Site Characterization Through?
Práce je nabízena v lokalitě Praha.
👉 Jaká firma nabírá na tuto pozici?
Tato nabídka práce je do firmy Přírodovědecká fakulta UK.